中華人民共和國聯合國教科文組織全國委員會秘書處設在教育部，負責協調中華人民共和國聯合國教科文組織全國委員會各委員單位及其他部門、機構與聯合國教科文組織開展教育、科技、文化等方面的合作與交流；負責與聯合國教科文組織總部、各地區辦事處以及各會員國全國委員會的聯系與交流。